完整性：核酸樣品若存在降解，會(huì)導(dǎo)致電泳條帶呈現(xiàn)彌散狀或出現(xiàn)多條不清晰的條帶，影響對(duì)核酸分子量大小和濃度的準(zhǔn)確判斷。

純度：樣品中若含有蛋白質(zhì)、多糖、酚類等雜質(zhì)，可能會(huì)與核酸結(jié)合，影響核酸在凝膠中的遷移率，導(dǎo)致條帶變形、拖尾或遷移速度異常。

種類：不同的緩沖液具有不同的 pH 值和離子強(qiáng)度，會(huì)影響核酸的帶電性質(zhì)和遷移速度。例如，常用的 TAE 緩沖液（Tris - 乙酸 - EDTA）和 TBE 緩沖液（Tris - 硼酸 - EDTA），TBE 的緩沖能力較強(qiáng)，適合長(zhǎng)時(shí)間電泳，但高濃度的 TBE 會(huì)影響 DNA 的遷移率，而 TAE 則更適合用于大片段 DNA 的電泳。

濃度：緩沖液濃度過(guò)高，會(huì)使凝膠的電阻增大，產(chǎn)熱增加，導(dǎo)致核酸分子的遷移速度減慢，甚至可能使 DNA 條帶扭曲變形；濃度過(guò)低，緩沖能力不足，會(huì)使電泳過(guò)程中 pH 值發(fā)生變化，影響核酸的遷移。

使用次數(shù)：多次使用的緩沖液中離子濃度會(huì)發(fā)生變化，且可能積累了電泳過(guò)程中產(chǎn)生的雜質(zhì)，如核酸降解產(chǎn)物等，從而影響電泳效果，一般建議及時(shí)更換緩沖液。

電場(chǎng)強(qiáng)度過(guò)大，會(huì)使核酸分子遷移速度過(guò)快，導(dǎo)致分辨率降低，尤其對(duì)于較大分子量的核酸，可能會(huì)使其在凝膠中的遷移行為異常，無(wú)法準(zhǔn)確分離；電場(chǎng)強(qiáng)度過(guò)小，電泳時(shí)間會(huì)延長(zhǎng)，核酸分子可能會(huì)發(fā)生擴(kuò)散，同樣影響分辨率。一般來(lái)說(shuō)，在進(jìn)行常規(guī)瓊脂糖凝膠電泳時(shí)，電場(chǎng)強(qiáng)度通?？刂圃?5 - 10 V/cm。

制備過(guò)程：凝膠制備過(guò)程中若攪拌不均勻、加熱不充分或冷卻速度過(guò)快等，都可能導(dǎo)致凝膠的孔徑大小不均勻，影響核酸分子的遷移路徑，使條帶不整齊或出現(xiàn)扭曲現(xiàn)象。

保存條件：制備好的凝膠若保存不當(dāng)，如在干燥環(huán)境中放置時(shí)間過(guò)長(zhǎng)，會(huì)導(dǎo)致凝膠失水干裂；若保存溫度過(guò)低或過(guò)高，也會(huì)影響凝膠的性能，一般建議將凝膠保存在 4℃左右的濕潤(rùn)環(huán)境中，并盡快使用。

染色劑：選擇合適的染色劑對(duì)于清晰觀察核酸條帶至關(guān)重要。常用的染色劑如溴化乙錠（EB），其與核酸結(jié)合的量會(huì)影響條帶的熒光強(qiáng)度，如果染色時(shí)間過(guò)長(zhǎng)或染色劑濃度過(guò)高，可能會(huì)導(dǎo)致背景熒光增強(qiáng)，影響條帶的清晰度；而染色時(shí)間過(guò)短或濃度過(guò)低，則條帶熒光較弱，不易觀察。此外，不同染色劑對(duì)不同類型核酸的親和力也有所差異，例如 SYBR Green 對(duì)雙鏈 DNA 和 RNA 都有較好的染色效果，而對(duì)單鏈 DNA 的染色效果相對(duì)較弱。

成像設(shè)備：成像設(shè)備的靈敏度、分辨率以及曝光時(shí)間等參數(shù)設(shè)置也會(huì)影響核酸電泳結(jié)果的呈現(xiàn)。如果曝光時(shí)間過(guò)長(zhǎng)，條帶會(huì)過(guò)亮且可能出現(xiàn)拖尾現(xiàn)象；曝光時(shí)間過(guò)短，條帶則可能顯示不出來(lái)。